Roztroušená skleróza se dle agresivity dělí na benigní a maligní. Pacienti s benigním průběhem mají poměrně dobré vyhlídky na plnohodnotný život, neboť se tato forma projevuje malým množstvím atak s minimálními následky i po několika letech. U maligní formy k atakům naopak dochází často, mívají těžký průběh a po jejich odeznění dochází k minimální regeneraci. To vede k poměrně rychlému poškození spojů a nástupu invalidity.
Krom rychlosti rozvoje onemocnění je roztroušená skleróza rozdělena do několika skupin dle svého průběhu. Rozeznáváme čtyři základní a několik nestandardních druhů. U nestandardních se vedou polemiky, zda se ještě jedná o RS nebo spíše o jinou chorobu.
Nejrozšířenější skupinou je relaps remitentní, u níž se nemoc projevuje v atakách, po nichž dochází k částečné nebo úplné remisy. První ataky mívají povětšinou velmi nenápadný průběh a nebývá jim kladem příliš vysoký důraz. U některých nemocných se projeví pouze jediná ataka, po níž se dostaví mnohaleté období remise. V této formě lze průběh onemocnění pomocí léků velice efektivně kontrolovat a zvláště u pacientů s pozvolnou benigní formou se ani nemusí překlenout do druhého stádia.
Do sekundárně progresivního stádia se roztroušená skleróza přehoupne v okamžiku, kdy organismus již vyčerpá všechny své schopnosti regenerovat myelin. Může se jednat o časový úsek několika let, ale také jak již bylo napsáno, nemusí nastat vůbec. V průměru se udává kolem devatenácti let. Toto stadium je již léky hůře ovlivnitelné a projevují se při něm mírné známky invalidity. Ale i tak si je pacient schopen správnými návyky a životosprávou udržet dostatečnou hybnost.
Převážně při propuknutí v pokročilejším věku, tedy kolem 40 až 50 roka života se v 10 až 15% skleróza projeví v primárně progresivní formě. Vyznačuje se pozvolnou progresí s minimálním množstvím zlepšení. A pokud se stav remise dostaví, bývá nevýrazný. Primárně progresivní skleróza jde jen velice omezeně ovlivňovat léky.
Ve vzácných případech se může projevit relaxující progresivní forma, u níž po ataku nedochází k žádnému zlepšení a každý způsobuje trvalé poškození. Využívá se povětšinou agresivní léčby na zmírnění relapsů, avšak i tak během několika málo let vede k plné invaliditě.